Le moteur a été pensé comme élément structural du cadre et par conséquent son architecture a été entièrement revue pour garantir la meilleure conception possible en termes de conformation, distribution du poids et robustesse. L'angle entre les cylindres est toujours de 90°, mais les cylindres ont été tournés vers l'arrière de 6° autour des carter du moteur, jusqu'à obtenir un angle de 21° entre le cylindre avant et le plan horizontal. Cela a permis de positionner le moteur plus en avant de 32 mm, pour améliorer la distribution des poids entre le train avant et le train arrière et obtenir un positionnement parfait des points d'attache des culasses dans le cadre monocoque de la 1199 Panigale.