Sur tous les modèles de la 1199 Panigale les fourches présentent un entraxe de montage majoré, typique des motos de compétition du Mondial Superbike. Grâce à cette finesse, les disques de frein aussi sont montés dans une position élargie, permettant ainsi un refroidissement optimal dans toutes les conditions d'utilisation. La 1199 Panigale est équipée de la toute nouvelle fourche Marzocchi pressurisée, inversée avec tubes de 50 mm. Extrêmement légère, avec des tubes en aluminium anodisé et des pieds forgés toujours en aluminium, entièrement réglable en compression et en détente ainsi que dans la précontrainte du ressort, elle présente un système hydraulique pressurisé qui exploite une moindre quantité d'huile pour chaque tube, en contribuant sensiblement à une réduction de poids. La suspension arrière est confiée à un monoamortisseur Sachs entièrement réglable. La suspension arrière de la 1199 Panigale prévoit un montage latéral de sorte à rendre l'ensemble facilement accessible pour les réglages. En outre, le système a été conçu afin de permettre le réglage de la tringlerie qui permet d'obtenir deux diverses configurations de la suspension arrière : « progressive » pour l'utilisation sur route avec passager à bord, et linéaire (« flat ») indiquée pour l'utilisation sur piste.