Le système ABS 9ME, dont sont équipées (sur la demande) la 1199 Panigale et la 1199 Panigale S et standard pour la version Tricolore, est un système de toute dernière génération à deux canaux qui exécute un freinage intégral avec contrôle du levage de la roue arrière pour garantir non seulement des distances d'arrêt inférieures mais aussi une plus grande stabilité en cours de freinage. Réglé spécifiquement pour une conduite sportive, le système ABS 9ME offre 3 niveaux d'intervention, chacun associé à un Riding Mode ; en mode RACE le système agit seulement sur les disques avant pour garantir les plus hautes performances sur piste.